Прообраз ШОС - механизм "Шанхайской пятерки", изначально получил развитие на базе укрепления  доверия и сокращения военной силы в приграничных районах КНР с Россией, Казахстаном, Кыргызстаном и Таджикистаном. После окончания холодной войны в международной и региональной обстановке произошли очень большие изменения, мир и развитие стали веянием эпохи. Вслед за этим на повестку дня встал вопрос об укреплении отношений добрососедства, взаимного доверия, дружбы и сотрудничества между пятью соседними странами - Китаем, Казахстаном, Россией, Таджикистаном и Кыргызстаном. В 1996 и 1997 годах, главы пяти государств на встречах в Шанхае и Москве подписали "Соглашение об укреплении доверия в военной области в приграничных районах" и "Соглашение о взаимном сокращении вооруженных сил в приграничных районах", что стало важным историческим этапом приведшим к запуску механизма под названием "Шанхайская пятерка". После этого подобная форма ежегодных встреч стала устоявшейся и проводится поочередно в каждой из пяти стран. С 1998 по 2000 годы саммиты "Шанхайской пятерки" созывались в Алматы, Бишкеке, Душанбе (Во время встречи в Душанбе президент Узбекистана И.Каримов был приглашен государством-председателем участвовать в этой встрече в качестве гостя). Содержание встреч также постепенно расширялось от обсуждения вопросов укрепления доверия в приграничных районах до развития всестороннего взаимовыгодного сотрудничества в сферах политики, безопасности, дипломатии, а также торгово-экономической, культурно-гуманитарной и других областях. Помимо встреч глав государств один за другим были созданы механизмы регулярных встреч по линии МИД, министров обороны, правоохранительных органов, министров экономики, культуры, транспорта, чрезвычайных ситуации, пограничных служб, прокуратур и национальных координаторов.

        Совместными усилиями сторон в практической деятельности "Шанхайской пятерки" достигнуты крупные результаты. Она успешно продвинула процесс решения оставленных историей пограничных вопросов в отношениях Китая с четырьмя государствами-членами, способствовала миру и спокойствию в приграничных районах; решительно борется и сдерживает "три зла" - терроризм, сепаратизм и экстремизм, защитила безопасность и стабильность государств данного региона; активно продвинула торгово-экономические связи между государствами-членами, осуществила полезный поиск в деле развертывания регионального экономического сотрудничества; непрерывно укрепляет координацию между государствами-членами на международной арене, стала важной региональной силой в продвижении мира и развития во всем мире.

        В истории современных международных отношений создание и развитие "Шанхайской пятерки" представляет собой имеющую созидательное значение дипломатическую практику. Она положила начало новому мировозрению на безопасность, содержащему в себе принципы взаимного доверия, разоружения, сотрудничества и безопасности, обагатила начатые Россией и Китаем межгосударственные отношения нового типа в основе которых партнерство, а не союз, предоставила модель регионального сотрудничества, отличительной особенностью которой являются совместная инициатива, приоритет безопасности, взаимовыгодное взаимодействие больших и малых государств, поставило человеческое общество выше идеологии холодной войны, внесла бесценный вклад в создание новой модели международных отношений.

        С вступлением в 21-й век экономическая глобализация получила дальнейшее развитие, а наука и техника развивается стремительными темпами. Все страны мира ускоряют шаги в сторону регионального сотрудничества, чтобы эффективно воспользоваться историческим шансом мира и развития, добиться снижения различных рисков и вызовов. В то же время, деятельность террористических, сепаратистских и экстремистских сил в Центральноазиатском регионе нарастает день ото дня, серьезно угрожая безопасности и стабильности государств, что отражается на мире и развитии региона. Китай, Россия и государства Центральной Азии несут важную миссию обеспечения региональной безопасности и стабильности, защиты мира на земле, также стоят перед трудной задачей развития собственных экономик, осуществления национального возрождения. Только в результате дальнейшего углубления взаимоотношений добрососедства, дружбы и сотрудничества можно эффективно защитить собственные интересы, реализовать цели совместного развития и процветания.

        В соответствии с вышеуказанным, отмечая пятилетний юбилей "Шанхайской пятерки", 15 июня 2001 года главы государств-членов "Шанхайской пятерки" и президент Републики Узбекистан на встрече в Шанхае "колыбели" данного механизма единогласно решили поднять механизм "Шанхайской пятерки" на более высокий уровень, чтобы она стала прочной базой и важной опорой для развития в новой обстановке сотрудничества между шестью государствами. В этих целях главы шести государств подписали Декларацию о создании ШОС, объявили о рождении новой организации регионального сотрудничества - ШОС. На встрече также была подписана "Шанхайская конвенция о борьбе с терроризмом, сепаратизмом и экстремизмом". Это произошло за три месяца до трагедии 11 сентября. Таким образом, ШОС стала организацией, которая раньше всех на международном уровне четко предложила нанести удар терроризму.

        14 сентября 2001 года в Алматы состоялась первая встреча глав правительств государств-членов ШОС. Главы правительств шести государств подписали "Меморандум между Правительствами государств-членами ШОС об основных целях и направлениях регионального экономического сотрудничества и запуске процесса по созданию благоприятных условий в области торговли и инвестиций", а также объявили об официальном создании в рамках ШОС механизма регулярных встреч глав правительств.

        7 июля 2002 года в Санкт-Петербурге прошла вторая встреча глав государств-членов Шанхайской организации сотрудничества. Главы шести государств приняли "Хартию Шанхайской организации сотрудничества", четко зафиксировав в ней цели, принципы и основные направления сотрудничества ШОС. Принятие Хартии заложило прочную международно-правовую базу новой организации. Кроме того, на саммите было подписано "Соглашение между государствами-членами ШОС о Региональной антитеррористической структуре" и объявлена "Декларация глав государств-членов ШОС".

        29 мая 2003 года в Москве состаялась третья встреча глав государств-членов ШОС. Крупнейшим достижением этой встречи стало принятие ряда законоположений и решений, регулирующих функционирование внутреннего механизма Организации. На ней также утвердили назначение гражданина КНР Чжан Дэгуана на должность Исполнительного Секретаря ШОС.

        23 сентября 2003 года в Пекине состоялась встреча глав правительств государств-членов ШОС. На ней была подписана "Программа многостороннего торгово-экономического сотрудничества государств-членов ШОС" и принят первый бюджет организации на 2004 год. Программа четко опредилила основные цели и задачи экономического сотрудничества в рамках ШОС, приоритетные направления и конкретные практические шаги сотрудничества, особо выделив перспективные планы, указала на курс экономического сотрудничества ШОС свободного движения товаров, капиталов, услуг и технологий на 20-летний период.

        15 января 2004 года в Пекине состоялось торжественная церемония учреждения Секретариата Шанхайской организации сотрудничества. На нее были приглашены руководители принимающего государства, министры иностранных дел, национальные координаторы шести государств-членов ШОС, представители некоторых международных организаций и аккредитованных в Китае дипломатических миссий, которые стали свидетелями этого исторического момента. Создание Секретариата ознаменовало завершение стадии становления Шанхайской организации сотрудничества и вступление в совершенно новый этап развития. В качестве зрелой и увереннной региональной силы ШОС крупными шагами выходит на международную арену.